El 2 de mayo de 2002 se sienta en el sillón de alcalde con la mayoría absoluta del Grupo Independiente Liberal (GIL). Revalida su cargo en las elecciones municipales de mayo de 2003. El GIL conserva la mayoría absoluta.
El 13 de agosto de 2003, sale del ayuntamiento tras prosperar una moción de censura presentada por 8 ex ediles del GIL (ya en el Grupo Mixto), tres ex ediles del PSOE y otros tres del PA.
En la actualidad, Julián Muñoz acumula, sólo en la Audiencia Provincial de Málaga, en torno a un centenar de causas pendientes relacionadas con el ordenamiento urbanístico y el medio ambiente.
Se enfrenta a penas que oscilan entre los 18 meses y los dos años de cárcel por cada asunto. Ya ha sido condenado en dos ocasiones por hechos de este tipo.
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