Los cambios pactados por el PSOE con Junts y ERC en la ley de amnistía acotan los delitos que no quedarán cubiertos por la medida de gracia en base a la legislación europea e internacional, dejando fuera las conductas más graves de terrorismo o traición y los delitos de corrupción si hay enriquecimiento personal. 

A petición de la formación que lidera Carles Puigdemont, se amplía  dos meses el ámbito temporal de la amnistía, que empezará el 1 de noviembre de 2011 en lugar del 1 de enero de 2012, como queda reflejado en la enmienda al preámbulo. En el apartado II se puede leer también que "la amnistía abarca no solo la organización y celebración de la consulta y el referéndum, sino también otros posibles ilícitos que guardan una profunda conexión con los mismos", y se enumeran algunos a modo de ejemplo como "las diferentes acciones de protesta para permitir su celebración o mostrar oposición al procesamiento o condena de sus responsables".

Consulta el documento con el texto de la ley de amnistía:

También en ese apartado se lee que el objetivo de la norma "pasa por finalizar la ejecución de las condenas y los procesos judiciales que afectan a todas las personas, sin excepción, que participaron en el proceso independentista".

En el caso del terrorismo, se borran las referencias al Código Penal y se señala que quedan sin cobertura "los actos que por su finalidad puedan ser calificados como terrorismo", según la directiva europea de 2017, y que, a su vez, hayan causado "de forma intencionada graves violaciones de derechos humanos".

Respecto a los delitos de traición y contra la paz o la independencia del Estado y los relativos a la defensa nacional recogidos en el Código Penal, se concreta que quedarán excluidos de la amnistía solo cuando se haya producido "tanto una amenaza efectiva y real como un uso efectivo de la fuerza en contra de la integridad territorial o la independencia política de España". 

Sobre el delito de malversación, indica que estará cubierto por la medida de gracia cuando esté dirigido a financiar, sufragar o facilitar el procés "siempre que no haya existido propósito de enriquecimiento". Y concreta que no se considerará enriquecimiento el uso de fondos públicos para el procés cuando, "independientemente de su adecuación al ordenamiento jurídico", no haya tenido el propósito de obtener un "beneficio personal de carácter patrimonial".