El consejo es el órgano colegiado de participación de la sociedad en la universidad y ejerce como elemento de interrelación entre las instituciones y la sociedad de la Comunidad Foral y la Universidad Pública de Navarra.

Le corresponde, entre otros, supervisar las actividades de carácter económico de la universidad, así como informar sobre la implantación de las nuevas titulaciones adaptadas al Espacio Europeo de Educación Superior y promover las relaciones entre la universidad y su entorno cultural, profesional, económico y social.

La composición de este órgano pretende reflejar la pluralidad de la sociedad. Así, el pleno del consejo está formado por un total de diecinueve vocales, seis de los cuales representan a la comunidad universitaria y trece, a los intereses sociales de la Comunidad Foral. De ellos, cinco son nombrados por el Parlamento, dos por las organizaciones sindicales más representativas, dos por las asociaciones empresariales y cuatro por el Departamento de Educación. Su presidente es Jesús Irurre Arigita.