Según ha informado la oficina del Ararteko, natural de Bilbao, Markiegi era licenciado en Filosofía y Letras, Psicología y Teología, además de haber cursado estudios de ingeniería.

El mandato de Xabier Markiegi y de Mercedes Agúndez fue el de consolidación de la institución del Ararteko, con un aumento cuantitativo y cualitativo de las distintas actividades realizadas por esa oficina, así como el de la apertura a la sociedad mediante la puesta en marcha de las oficinas de atención ciudadana de Bilbao y San Sebastián.

En aquel periodo la oficina del Ararteko presentó diferentes informes extraordinarios ante el Parlamento Vasco sobre los problemas de la infancia, adolescencia y tercera edad, los enfermos mentales, etc., cuestiones todas de "hondo calado social", ha destacado.

Entre estas acciones, la oficina considera "especialmente representativos" el informe extraordinario sobre 'La situación de las cárceles en el País Vasco' o el informe sobre los presuntos malos tratos que sufren los inmigrantes por parte de los cuerpos policiales (conocido coloquialmente como Informe de San Francisco).