En los periodos 1987-1989 y 1999-2003 Agirre fue elegido procurador de las Juntas Generales de Álava y su paso por las instituciones forales culminó con su elección como diputado general de Álava en julio de 2007.
Agirre, que fue en dos ocasiones también residente de la ejecutiva jeltzale alavesa, ejerció como diputado general entre los años 2007 y 2011 y en su homenaje y recuerdo las banderas de la Casa Palacio ondearán a media asta.
Asimismo, a partir de 1990, y durante nueve años, ejerció como viceconsejero de Interior del Gobierno Vasco a las órdenes del consejero Juan Mari Atutxa.
Agirre accedió en dos ocasiones a un escaño en el Parlamento Vasco en representación del territorio alavés. La primera, a partir del año 2004. La segunda, en la legislatura 2012-2016.
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