El discurso científico gira alrededor del tiempo y se muestra a través de la sala de Astronomía, del Planetario, la zona expositiva llamada Los Tesoros de la Tierra (Geología, Estratigrafía y Paleontología), la sala Historia del Futuro y la sala El Laboratorio de la Vida (naturaleza, agricultura, ganadería e industria de Castilla-La Mancha).

Respecto al Planetario, formado por una gran cúpula de diez metros de diámetro que sirve de gran pantalla donde se proyectan más de 6.000 estrellas, objetos celestes, planetas, por medio de una combinación de dispositivos audiovisuales permite al visitante realizar auténticas incursiones en el universo.

A su vez, el Museo ofrece otro tipo de actividades como exposiciones temporales, talleres y actividades didácticas adaptadas a diferentes niveles educativos, concursos, cursos y seminarios, o congresos. El Museo de las Ciencias (Cuenca) también promueve el programa "Ciencia en Ruta 2008", que lleva por medio de talleres itinerantes, a todos centros educativos de la región, y sin mover de su localidad, algunas de las actividades programadas dentro de su espacio denominado "Experimentarium".

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