Durante la realización de unos trabajos de restauración de las pinturas y revestimientos murales interiores que se están ejecutando por el Ministerio de Cultura y Deporte a través del Instituto del Patrimonio Cultural de España, se han puesto al descubierto varios problemas estructurales del edificio que deben ser acometidos sin dilación para evitar riesgos para el edificio y los visitantes.

El edificio actual está formado por los restos de la iglesia prerrománica asturiana con una cabecera de época románica presentando múltiples agrietamientos y patologías. Por ello, las obras de emergencia incluyen acciones para la consolidación y restauración de huecos situados en el ábside románico, así como las medidas de seguridad necesarias para eliminar el riesgo de desprendimiento.

La Iglesia de San Miguel de Lillo es un Bien de Interés Cultural declarado Monumento Histórico-Artístico en 1885 y se encuentra inscrito en la Lista de Patrimonio Mundial de la UNESCO desde 1985, como parte del 'Conjunto Prerrománico, Monumentos de Oviedo y del Reino de Asturias'. Su propiedad corresponde al Arzobispado.