Tras estudiar en el Liceo Francés de Madrid, se licenció en Derecho y en Ciencias Políticas por la Universidad Complutense de Madrid, para después ingresar en la carrera diplomática.

Trabajó en el Ministerio de Asuntos Exteriores desde 1974 a 1979 como Director para Europa del Este para después ser destinado a la Embajada de España en Yugoslavia hasta 1984.

Ese mismo año pasaría a ocupar la Embajada en Marruecos hasta 1987, momento en el que es nombrado Subdirector General para África del Norte.

En 1991 dirige el Instituto para la Cooperación con el Mundo Árabe, convirtiéndose en un especialista en Oriente Próximo, muy respetado tantos por árabes como por israelíes, y siendo nombrado Director General de Política Exterior para África Subsahariana y Oriente Medio en 1993.

Llegada de Aznar al poder

Tras la llegada del PP, Moratinos fue nombrado embajador en Israel en 1996 hasta que ese mismo año, la Unión Europea le confía la alta representación de la misma en el proceso de paz árabe-israelí, cargo que desempeñaría hasta 2003.

En 2004 es elegido Diputado al Congreso por el PSOE por la circunscripción electoral de Córdoba y es nombrado por José Luis Rodríguez Zapatero, Ministro de Asuntos Exteriores y de Cooperación de España, siendo una de sus primeras misiones la retirada española de la Guerra de Irak.

Moratinos habla español, francés, inglés, y tiene conocimiento de otros idiomas como el serbiocroata y el árabe. Es además Caballero de la Orden del Mérito Civil y Oficial de la Orden de Isabel la Católica.