Entre ellas, se encuentra una sala en la que los arqueólogos y los miembros de la orden franciscana no se ponen de acuerdo. Según los primeros, se trataría de la Sala Capitular, donde se reunían los monjes para sus reuniones. Según los franciscanos, sería la Sala Profundis, destinada a la oración.

Dos delegaciones de franciscanos se han ofrecido a los técnicos para facilitar información sobre otros conventos de la época y poder, así, descubrir un poco más sobre el hallado en la plaza Corazón de María, junto a San Francisco, que fue derruido en 1856.