La provincia de Málaga alberga casi el 24 por ciento de las especies amenazadas de invertebrados terrestres en Andalucía, con un total de 38 taxones incluidos en el Libro Rojo de Invertebrados de la Consejería de Medio Ambiente de la Junta de Andalucía, según se desprende del informe de 2009 elaborado por el Observatorio Provincial de Sostenibilidad, dependiente de la Diputación de Málaga.

En concreto, 52 están catalogados como "vulnerable"; 12 "en peligro de extinción" y tres "en peligro crítico de extinción"; aunque, no obstante, el estudio advierte del desconocimiento existente acerca de los invertebrados que habitan en la región andaluza, donde entre los años 2000 y 2006 se descubrieron 215 nuevos taxones, de los que un 13 por ciento correspondieron a Málaga.

Respecto a los vertebrados, el 35 por ciento de los mamíferos terrestres de la provincia se encuentran incluidos en las categorías de máxima amenaza de la Unión Internacional para la Conservación de la Naturaleza (UICN); el 18 por ciento de las especies de reptiles y anfibios, "en peligro de extinción" o en situación "vulnerable"; y un tres por ciento de aves "en peligro crítico de extinción".

Así, de las 47 especies de mamíferos presentes en la provincia, están en amenaza el topo ibérico, el musgaño de cabrera, el musgaño enano, 15 de murciélagos, la nutria, el ciervo, el corzo, la ardilla, la rata de agua y la cabra montés. En cuanto a esta última, Málaga se sitúa en el cuarto lugar andaluz con mayor número, más de 4.000, según los últimos datos de 2007 de la Consejería.

El Informe de Sostenibilidad de 2009 también señala que, durante el año 2009, un total de 1.803 ejemplares de la provincia ingresaron en el Centro de Recuperación de Especies Amenazadas; en su mayor parte, procedentes de particulares —el 61 por ciento—, seguido del Servicio de Protección de la Naturaleza (Seprona) de la Guardia Civil -el 13 por ciento—.

Sin embargo, destaca la diversidad faunística de Málaga como una de las principales características de su paisaje, al configurarse como zona de cruce dentro de las rutas de paso de numerosas especies migratorias que aprovechan el Estrecho de Gibraltar para efectuar su desplazamiento entre continentes y ocupar temporalmente espacios idóneos para el reposo y la alimentación, como el ecosistema de Fuente de Piedra o las zonas de transición costera.