El Boston Ballet se fundó en 1963 por Virginia Williams, esposa de un financiero de Boston, y fue la primera compañía de ballet profesional de toda Nueva Inglaterra.

La reputación nacional e internacional del Boston Ballet se desarrolló gracias a los directores artísticos Violette Verdi, de 1980 a 1984; Bruce Marks, de 1985 a 1997; y Anna Marie Holmes de 1997 a 2000. Su actual director artístico, Mikko Nissinen, ocupa su cargo desde el año 2001.

A lo largo de su historia, el Boston Ballet ha sido una compañía pionera. En 1979 inauguró el Festival de Nervi en Italia. En 1980 fue la primera compañía americana en actuar en la República Popular China. En 1983 Rudolf Nureyev estrenó en la compañía su nueva producción de Don Quijote en América, y después en gira por México, Francia e Italia.

La primera coreografía de Mark Morris se presentó en el Boston Ballet en 1986. En 1987, fue la primera compañía en actuar el prestigioso Bessie Dance and Performance Award en el teatro City Center de Nueva York. Y en 1990, fue la primera compañía americana en coproducir con el Ballet del Kirov y el Ballet del Bolshoi.

El principal propósito del Boston Ballet es mantener un repertorio que combine clásicos intemporales con los trabajos más innovadores de coreógrafos actuales. La temporada en Boston, que va desde Octubre a Mayo, ofrece un promedio de 60 representaciones.

La compañía posee en la actualidad 58 bailarines en plantilla en la primera compañía, y 10 bailarines noveles en la compañía Boston Ballet II, dirigida también por Nissinen. Mikko Nissinen cuenta con la ayuda de la española Trinidad Vives como adjunta a la dirección artística de ambas compañías.