El decret assenyala que per a desenvolupar el programa polític del Consell, d'una "manera eficaç", i amb una utilització "el més eficient possible" dels mitjans humans i materials de l'Administració del Consell, es considera "adequat" establir una estructura amb dotze departaments, inclosa la Presidència de la Generalitat.

D'aquesta manera, el nou Consell s'estructura en dotze departaments, que són la Presidència de la Generalitat, i dos Vicepresidències: la vicepresidència i Conselleria d'Igualtat i Polítiques Inclusives i la Vicepresidència Segona i Conselleria de Vivenda i Arquitectura Bioclimàtica.

Així mateix, la resta de departaments són les de Conselleria d'Hisenda i Model Econòmic; Conselleria de Justícia, Interior i Administració Pública; Conselleria d'Educació, Cultura i Esport; Conselleria de Sanitat Universal i Salut Pública; Conselleria d'Economia Sostenible, Sectors Productius, Comerç i Treball; Conselleria d'Agricultura, Desenvolupament Rural, Emergència Climàtica i Transició Ecològica; Conselleria de Política Territorial, Obres Públiques i Mobilitat; Conselleria d'Innovació, Universitats, Ciència i Societat Digital; i Conselleria de Participació, Transparència, Cooperació i Qualitat Democràtica.

A presidència de la Generalitat s'assignen les competències en matèria d'assessorament al president i impuls de l'acció interdepartamental del Consell, relacions amb la Unió Europea, l'Estat i altres comunitats autònomes, comunicació institucional de la Generalitat, promoció institucional, patrimoni cultural, turisme, Administració local i mitjans de comunicació social, així com les competències en matèria de relacions amb Les Corts, publicacions, representació i defensa en juí i assessorament en dret a la Generalitat.

Per la seua banda, Vicepresidència i Conselleria d'Igualtat i Polítiques Inclusives comptarà amb l'Oficina de Suport a la Portaveu i l'Oficina del Secretariat del Consell, que coordinarà l'acció del Consell. A més, s'assignen a la Conselleria d'Igualtat i Polítiques Inclusives les competències en matèria de polítiques de prestació social, servicis socials, dependència, persones amb diversitat funcional, famílies, infància i adolescència, adopcions, joventut, dona, persones migrants i voluntariat social.

Per la seua banda, a la vicepresidència Segona i Conselleria de Vivenda i Arquitectura Bioclimàtica s'assignen les competències en matèria de vivenda, i de regeneració urbana i sostenibilitat energètica habitacional.

A la conselleria d'Hisenda i Model Econòmic s'assignen les competències en matèria d'hisenda, model econòmic i finançament, sector públic empresarial i fundacional de la Generalitat i consorcis no sanitaris adscrits a la Generalitat, patrimoni, projectes i fons europeus, i tecnologies de la informació i la comunicació de l'Administració.

Per la seua banda, a la Conselleria de Justícia, Interior i Administració Pública s'assignen les competències en matèria de justícia, reformes democràtiques, i gestió de les competències en matèria de consultes populars, col·legis professionals, fundacions, associacions, registres i notariat, així com les competències en matèria d'interior, protecció civil, gestió de la Unitat del Cos Nacional de Policia adscrita a la Comunitat Valenciana, extinció d'incendis i gestió de les competències en matèria de situacions d'emergència, i, així mateix, les competències en matèria de funció pública.

La Conselleria d'Educació, Cultura i Esport tindrà competències en matèria d'educació, formació professional reglada, cultura i promoció cultural, política lingüística i esport, mentre que la Conselleria de Sanitat Universal i Salut Pública tindrà competències en matèria de sanitat, salut pública, farmàcia, avaluació, investigació, qualitat i atenció al pacient.

La Conselleria d'Economia Sostenible, Sectors Productius, Comerç i Treball tindrà les competències en matèria d'economia sostenible, foment de l'ocupació i de l'economia social, formació professional ocupacional i contínua, intermediació en el mercat laboral, indústria, energia, sectors productius, comerç interior i exterior, fires sectorials i activitats promocionals, artesania i consum.

La conselleria d'Agricultura, Desenvolupament Rural, Emergència Climàtica i Transició Ecològica s'encarregarà de la matèria d'agricultura, ramaderia, pesca, alimentació, desenvolupament rural, política agrària comuna, medi ambient, recursos hídrics, canvi climàtic, i prevenció d'incendis.

La Conselleria de Política Territorial, Obres Públiques i Mobilitat tindrà les competències en matèria de vertebració del territori, paisatge, transports, ports, aeroports i obres públiques.

La Conselleria d'Innovació, Universitats, Ciència i Societat Digital tindrà competències en matèria d'universitats, ciència, i investigació i innovació tecnològica i la Conselleria de Participació, Transparència, Cooperació i Qualitat Democràtica li correspon les competències en matèria de participació ciutadana, transparència, responsabilitat social, foment de l'autogovern i cooperació al desenvolupament.

D'aquesta manera, queden suprimits els següents departaments del Consell: Conselleria de Justícia, Administració Pública, Reformes Democràtiques i Llibertats Públiques; Conselleria d'Educació, Investigació, Cultura i Esport; Conselleria d'Agricultura, Medi ambient, Canvi Climàtic i Desenvolupament Rural; Conselleria de Vivenda, Obres Públiques i Vertebració del Territori, i Conselleria de Transparència, Responsabilitat Social, Participació i Cooperació.