Iruretagoyena falleció el 9 de enero de 1998, a los 35 años de edad, al estallar una bomba colocada en su vehículo por la banda armada. Fue el cuarto edil del PP vasco asesinado por ETA, después de Gregorio Ordóñez, Miguel Ángel Blanco y José Luis Caso.

A través de su cuenta de Twitter, el presidente de los populares en Euskadi asegura que "mantener viva" la memoria del edil "debe ser una responsabilidad compartida entre quienes trabajan por un relato veraz y justo sobre el terrorismo".

El Ayuntamiento de Zarautz ha organizado en el municipio un acto de reconocimiento a José Ignacio Iruretagoiena, a quien meses después del crimen, el Consistorio, gobernado por aquel entonces por Eusko Alkartasuna, nombró hijo predilecto al edil fallecido.

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