La Dirección General de Cultura ha declarado Bien Inventariado a una serie de órganos navarros en razón de su valor artístico. Se trata de los órganos de Aibar, Larraga y Puente la Reina, y de las cajas de órgano de Andosilla, Lodosa y Villafranca.

La Ley Foral 14/2005 de 22 de noviembre de Patrimonio Histórico de Navarra estableció tres clases de bienes de patrimonio cultural objeto de protección: Bien de Interés Cultural (BIC), Bien Inventariado y Bien de Relevancia Local.

El texto especifica que un Bien Inventariado es aquel que, sin reunir las condiciones para ser declarado BIC, tiene "una notable relevancia cultural". Por su parte, un Bien de Relevancia Local es, como indica su nombre, aquel bien inmueble con significación cultural a nivel local.

Su declaración como tales les confiere un grado de especial protección sobre el resto de los bienes que forman parte del patrimonio cultural, referida especialmente a la conservación, mantenimiento y difusión de los mismos, lo que incluye también la obligación administrativa de velar por una utilización adecuada o de emisión de informes ante cualquier actuación.

Aunque se tienen noticias documentales de la existencia en alguna de estas poblaciones de órganos anteriores al siglo XVIII, ha detallado el Ejecutivo foral en un comunicado, los instrumentos que se conocen en la actualidad corresponden básicamente a este siglo, aunque todos ellos han sufrido reformas a lo largo del tiempo, bien por motivos de reparación, bien para adaptarlos a los nuevos estilos artísticos que han ido surgiendo a lo largo del tiempo.

El interés que presentan los instrumentos difiere de unos a otros, ya que en unos casos su valor radica tanto en el instrumento como en la caja que lo encierra y, en otros, el mérito reside especialmente en el mueble. De esta forma, la declaración se ha realizado sobre los órganos de Aibar, Larraga y Puente la Reina, y sobre las cajas de órgano de Andosilla, Lodosa y Villafranca.

La parroquia de San Pedro de Puente la Reina cuenta con uno de los órganos barrocos más interesantes de Navarra, que cuenta con una pequeña caja barroca con algún resto renacentista. Barrocos son también los órganos de las parroquias de San Pedro de Aibar y San Miguel de Larraga, aunque en este último, la caja es de estilo rococó y se adorna con esculturas femeninas y un ángel tocando un instrumento en el vértice.

Las parroquias de San Julián y Santa Basilisa de Andosilla y de San Miguel de Lodosa cuentan con bellas cajas de órganos realizadas a finales del siglo XVIII en estilo neoclásico. Por su parte, la parroquia de Santa Eufemia de Villafranca posee una soberbia caja de órgano de estilo barroco, con abundante decoración al gusto de la época, incluyendo las tallas de siete angelotes.