Fernández nació en Puente del Arzobispo (Toledo) el 15 de febrero de 1950, por lo que tiene 60 años. Estudió en los seminarios de Talavera, Toledo y Palencia. Fue ordenado sacerdote por el cardenal Marcelo González Martín el 22 de diciembre de 1974 e incardinado a la diócesis de Toledo, a la que ha servido como sacerdote durante treinta años.

Es maestro de enseñanza primaria, licenciado en Teología Dogmática por la Universidad Gregoriana de Roma y doctor en Teología por la Universidad Salesiana de Roma. Además, ha cursado estudios de Licenciatura en Derecho Canónico en la Universidad de Salamanca.

El Papa Juan Pablo II lo nombró obispo de Tarazona, diócesis en la que fue consagrado y tomó posesión el 9 de enero de 2005. Lleva, por tanto, cinco años como obispo de la Sede turiasonense.

En el seno de la Conferencia Episcopal Española es miembro de la Comisión para la Doctrina de la Fe y de la Comisión para la Vida Consagrada. Es el obispo asesor del Orden de las Vírgenes.