Esta calidad se mide, entre otras cosas, por el número de artículos de investigación publicados y la cantidad de veces que son citados en otras universidades españolas. En el caso de Córdoba, sus investigaciones se citan de media 7 veces. Además, la Agencia Nacional de Evaluación y Acreditación de la Calidad resolvió positivamente el 75 % de las solicitudes de mención de calidad de las tesis leídas en la UCO. Las áreas con mayor productividad: la bioquímica y la biología molecular, y una investigación sobre Fisiología de la Reproducción ocupa el tercer lugar en el ranking español.