Esta política incluye la prevención y lucha contra la contaminación del entorno, abarcando acciones encaminadas a minimizar los vertidos, limitar los ruidos y emanaciones tóxicas, y controlar y evaluar las consecuencias de toda índole de las actividades militares sobre la naturaleza, según ha señalado el Ministerio de Defensa en una nota en una nota.

La Base Naval de Rota acometió desde el año 1997, en que se aprobó la Directiva 107/97 sobre protección del Medio Ambiente, actuaciones y medidas que vinculan las misiones militares propias con el objetivo de protección medioambiental que dispone el artículo 45 de la Constitución Española.

Para ello, se implantó un programa de conservación del medioambiente y de eficiencia energética, realizando un esfuerzo constante hasta conseguir la certificación conforme a la Norma UNE-EN ISO 14001:2015 'Sistema de gestión Ambiental' (SGA), que se ha renovado en Junio/2020.

En el marco de mejora en la gestión medioambiental se han adoptado medidas adicionales, como la exigencia en la contratación de servicios del cumplimiento de las condiciones medioambientales propias de la Base Naval, teniendo como objetivo el de "contaminación cero" de buques e infraestructuras.

Esto exige un esfuerzo importante en recursos humanos y económicos para su cumplimiento y la implicación directa de todos los usuarios de las instalaciones, tanto militares como civiles. Así, la Base Naval cuenta con una Sección de Protección Medioambiental que asume el seguimiento y control de todas las actividades de esa índole.

Se incluyen entre sus objetivos la defensa y conservación de la fauna y flora existente dentro de la Base Naval (aeropuerto, pinares, laguna, rio, playas) y de sus Zonas de Costa. Asimismo, destacan los programas de protección de especies como el pato malvasía y el camaleón, objeto de especial atención desde 2010, cuando se firmó el Proyecto de Colaboración con la Junta de Andalucía para la conservación y mejora de las poblaciones y hábitats del Camaleón en la Base Naval de Rota.