Marquínez es profesor de la Universidad de Oviedo desde 1977, profesor titular desde 1985 y catedrático desde 2019. También es director del Instituto de Recursos Naturales y Ordenación del Territorio (INDUROT, de la Universidad de Oviedo) desde 2013, y es director del Grupo de Investigación en Riesgos Naturales (GRINAT).
De su trayectoria destaca que fue director general de Recursos Naturales y Ordenación del Territorio del Gobierno de Asturias de 1993 a 1995; fue presidente de la Confederación Hidrográfica del Norte (Ministerio de Medio Ambiente y Medio Rural y Marino) de 2004 a 2008; y presidente del Consejo de Administración de Aguas de la Cuenca del Norte de 2004 a 2008.
Asimismo, fue presidente de la Confederación Hidrográfica del Cantábrico Norte (Ministerio de Medio Ambiente y Medio Rural y Marino) de 2008 a 2012; y vicepresidente del Consejo de Administración de Aguas de las Cuencas de España de 2008 a 2012.
Y ha sido coordinador de la Comisión Nacional de Inundaciones (Ministerio de Medio Ambiente/Ministerio de Medio Ambiente y Medio Rural y Marino/Ministerio de Agricultura, Alimentación y Medio Ambiente) de 2005 a 2012.
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