En su Declaración fundacional, firmada por diversas organizaciones, el Observatorio afirma: "Creemos en un periodismo que informe de manera responsable, que fomente la interculturalidad y evite las generalizaciones que estigmatizan a toda la comunidad musulmana y que pueden acabar sentando las bases de una fractura social que solo beneficia a los extremistas violentos".

Entre los objetivos del Observatorio de la Islamofobia en los medios, se encuentran promover el debate sobre la responsabilidad de los medios en la creación de estereotipos e imágenes distorsionadas de estas comunidades y difundir mensajes positivos de diversidad e interculturalidad relacionados con la comunidad musulmana a través de los medios.

Asimismo, contempla producir un libro de estilo de buenas prácticas en colaboración con la Fundación del Español urgente y, en definitiva, "contribuir a la inclusión de la comunidad musulmana como parte de la sociedad europea, evitando su criminalización y marginación".