La Consejería de Agua, Agricultura, Ganadería y Pesca desarrolla el seguimiento de los efectos derivados de la declaración de la citada reserva por decreto ministerial de 22 de junio de 1995.

La Universidad de Murcia está realizando desde 1989 diversas investigaciones sobre las comunidades bentónicas e ícticas (fondo marino y peces) en el área de Cabo de Palos-Islas Hormigas, y desde 2002 estos trabajos de seguimiento se desarrollan de forma conjunta con la Universidad mediante la suscripción de convenios.

Los resultados obtenidos han servido de base para mejorar la gestión de la reserva marina, adoptando el diseño de actuaciones relacionadas con el uso público de la misma, tanto para la regulación del flujo de visitantes, como para la del sector pesquero que faena en la zona.