En concret, dissenyà fars dits catadiòptrics, amb un sistema de miralls i lents esglaonats que permetien que la llum arribés més lluny, i inventà un sistema de senyals acústiques per als dies de boira espessa. Aviat, ingressà a la California Academy of Sciences (que presidiria). Al 1875, Molera deixà l’administració federal per a poder-se dedicar a fer d’enginyer i arquitecte, i d’ agricultor i ramader, a Califòrnia (on introduí les carxofes, que es feu enviar de Vic); i d’enginyer de mines a Mèxic. Al 1906, després del terratrèmol, participà en la reconstrucció de San Francisco.

Va mantenir, sempre, relació amb Catalunya. Per exemple, envià a Verdaguer treballs sobre la geologia del fons de l’Oceà Atlàntic, i recordà el protagonisme de Gaspar de Portolà i Juníper Serra en la fundació de Califòrnia. Avui, una de les finques on va viure, a Monterrey, és una casa-museu (amb un historic garden), i des de 1972, hi ha obert un extens «Molera State Park».