Hamilton, que tiene siete puntos de ventaja sobre su rival Felipe Massa a falta de tres carreras, fue el tercero más rápido con su McLaren.
Massa fue cuarto y su compañero de Ferrari Kimi Raikkonen llegó en el quinto puesto en el pintoresco circuito de Fuji de 4,563 km.
'Hoy no hubo problemas particulares', dijo Hamilton, ganador en Japón el año pasado. 'El coche aquí es muy competitivo. Hemos demostrado que estamos en buena posición para presionar este fin de semana'.
Glock deleitó a los aficionados de Toyota en el circuito de la casa japonesa, consiguiendo la mejor vuelta en un minuto 18,363 segundos en la sesión de la tarde.
'Fuimos muy consistentes y tuvimos un día realmente productivo', declaró el alemán. 'Es genial para el equipo estar en lo más alto de la lista tras las segundas prácticas del viernes'.
El bicampeón del mundo Fernando Alonso, ganador en Singapur hace dos semanas, hizo un tiempo de 1:18.426, mientras que Hamilton, el más rápido en la sesión de la mañana, marcó 1:18.463.
MASSA FELIZ
Massa, que terminó en el puesto 13 y sin puntos en Singapur, dijo que estaba satisfecho tras haber hecho un tiempo de 1:18.491.
'Los tiempos están muy ajustados', declaró el brasileño. 'Quizás podría haber estado un poco más arriba por la mañana porque no me encontré con tráfico en mi últimas vuelta con los neumáticos blandos'.
Raikkonen, que lleva cuatro carreras sin sumar puntos, lo que ha arruinado sus esperanzas de conseguir un segundo título de Fórmula Uno consecutivo, necesita mejorar su actuación en Japón.
El finlandés está a 27 puntos de Hamilton, aunque matemáticamente sigue teniendo posibilidades en el campeonato de pilotos.
Alonso, que aún debe decidir si se quedará en Renault en 2009, volvió a mostrar una buena velocidad y fue el quinto más rápido en la sesión de la mañana, antes de deslumbrar en la segunda.
Hamilton, tercero en Singapur, ganó una lluviosa carrera en Fuji el año pasado, pero después permitió que Raikkonen acabara con una diferencia de 17 puntos en las dos últimas carreras en China y Brasil y ganara por un solo punto.
Robert Kubica, de BMW-Sauber y a 20 puntos de Hamilton, fue el undécimo más rápido.
Hamilton puede convertirse en el campeón mundial más joven con 23 años, mientras que Massa necesitará a la suerte de su lado para ser el primer brasileño que alcance el título desde que lo hiciera el fallecido Ayrton Senna en 1991.

El Gobierno estudia inyectar en Bankia menos de 19.000 millones
38 mujeres denuncian haber sido víctimas del falso chamán
Venus 'se pasea' entre el Sol y la Tierra por última vez en este siglo
Jiménez renueva con el Zaragoza por tres temporadas
El PP desbloquea los contratos a científicos y sube la tasa de reposición al 10%
El Supremo rechaza suspender los permisos de Repsol en Canarias
Hopper, el pintor de la soledad moderna
¡Sé el primero en hacerlo!