Según ha informado la UCO, Gómez fue fundador de la Cátedra de Flamencología de la Universidad de Córdoba, cuya creación fue aprobada por el Consejo de Gobierno el 5 de diciembre de 1996, al tiempo que se aprobaba su nombramiento como director, cargo que desempeñó hasta su jubilación en 2009.

Auspiciada y dirigida por el flamencólogo montillano, que puso toda su enorme experiencia y conocimiento al servicio de la Universidad durante 12 años, la Cátedra asentó los sólidos cimientos que la han convertido en uno de los foros de referencia más importante de Andalucía y también de España.

Galardonado con numerosos premios, la UCO concedió a Agustín Gómez en enero de 2012 su distinción Tomás de Aquino, por "su labor desarrollada al frente de la misma, que la ha llevado a constituirse en toda una referencia dentro de este campo, así como a fortalecer y enriquecer uno de los patrimonios culturales más representativos de Andalucía y más conocido en el mundo".

Desde el 25 de abril de 2016, la Cátedra Flamencología lleva el nombre de Agustín Gómez, reconociendo la UCO con esta denominación la dedicación, el cariño y la importante labor que Gómez desarrolló en los primeros años de vida de la Cátedra, a la que seguía vinculado como integrante de su consejo asesor.