Los doctorandos venían invirtiendo una media de cinco o seis años en el doctorado, desde que comenzaban sus estudios hasta que presentaban la tesis. Sin embargo, esto ya no será posible. La nueva normativa pone límites: tres años, desde la matriculación hasta la presentación final de la tesis, siempre que la dedicación sea a tiempo completo. Ahora bien, si la dedicación al doctorado no es completa, los estudios pueden extenderse hasta cinco años. Se podrá solicitar una prórroga por dos años más y ampliarla de forma excepcional por un año adicional.

En el curso actual son 1.624 los programas de doctorado adaptados al EEES que se imparten en las universidades españolas. Para obtener el titulo de doctor hay que superar un periodo de formación y otro de investigación organizado, que termina con la presentación y lectura de un trabajo de investigación original: la tesis doctoral.

Un tribunal designado evalúa la tesis. Sus formantes han de ser doctores y tener experiencia investigadora. La nueva normativa pone como condición que la mayoría de los miembros sean externos a la universidad donde se imparte el programa y a otras instituciones u organizaciones que colaboren en él.

Las calificaciones globales con las que se puntúa la tesis cambian a partir de la nueva regulación: mientras que en la anterior, el trabajo de investigación podía obtener no apto, aprobado, notable o sobresaliente; ahora la cosa cambia, pues los términos calificadores se limitan a apto y no apto.

Para obtener cum laude hay que contar con el voto positivo de todos los integrantes del tribunal evaluador. Antes esta mención se lograba si la nota global era de sobresaliente y si el voto favorable era de, al menos, cuatro miembros del tribunal.

Uno de los objetivos principales de los nuevos programas de doctorado es aumentar la movilidad de los estudiantes entre distinto países. Para reconocer los esfuerzos de los doctorandos en este sentido, la anterior normativa permitía incorporar la mención doctor europeus de forma adicional al título de doctor, siempre que se cumplieran una serie de requisitos. Esta mención se sustituye ahora por doctor internacional.

Para ser doctor internacional hay que haber permanecido durante el periodo de formación una estancia mínima de tres meses en una institución de enseñanza superior o centro de investigación en el extranjero. Además, parte de la tesis (al menos, el resumen y las conclusiones) debe estar redactada y presentada en una lengua distinta a cualquiera de las oficiales en España. Esta norma no se aplica si la movilidad se ha desarrollado en un país de habla hispana.