Su origen se remonta a finales del siglo XIX, cuando un veterinario belga estableció unos estándares para los perros pastores de la zona en función a su color y características, y comenzaron a criarse de forma independiente conservando las particularidades de cada variedad.

Fue durante la Segunda Guerra Mundial cuando el malinois destacó especialmente por su capacidad en el trabajo militar, lo que lo ha convertido, desde entonces y hasta la actualidad, en una de las razas más reclamadas y valoradas por su enorme versatilidad y dinamismo.