El departamento de Cultura y Turismo del Gobierno de Navarra, en virtud de la Ley Foral 10/2009, de 2 de julio de museos y colecciones museográficas permanentes, ha reconocido como museo al Museo de Tudela, y como colección museográfica permanente al Museo del Castillo de Javier y al Ecomuseo Molino de Zubieta.

El Museo de Tudela, ubicado en el Palacio Decanal de esta ciudad, pertenece al Arzobispado y está abierto al público desde el año 2000. Su exposición permanente muestra piezas de arte religioso de distintas iglesias de la merindad tudelana, así como restos arqueológicos procedentes de las excavaciones urbanas, que han sido depositados por el Gobierno de Navarra. Mantiene un servicio muy activo de visitas guiadas y talleres didácticos para escolares, según ha informado el Ejecutivo foral en una nota.

El Museo del Castillo de Javier cuenta con una larga trayectoria, si bien la exposición actualmente abierta al público se inauguró en 2006. Propiedad, como el resto del recinto monumental, de la Compañía de Jesús, la colección museográfica ofrece una muestra de dioramas y bienes culturales relacionados con la figura y el espíritu religioso de San Francisco Javier. El público tiene distintas posibilidades de visita a este centro, tanto libre como con audioguía o visita guiada con el personal de la colección.

El Ecomuseo Molino de Zubieta fue abierto en 1998 tras una obra de rehabilitación y musealización de un molino harinero cedido por la sociedad de propietarios al ayuntamiento de esta localidad de Malerreka. Además de la puesta en marcha del molino, que es el núcleo de la visita a este centro, el ecomuseo cuenta con una colección de objetos etnográficos representativos de los modos de vida y el folklore de la comarca.

Con estos reconocimientos, Navarra cuenta ya con seis museos reconocidos y dos colecciones museográficas. Los museos son: Museo de Navarra, Museo Gustavo de Maeztu, Museo Muñoz Sola de Arte Moderno, Museo de la Fundación Oteiza, Museo del Carlismo y Museo de Tudela. Las colecciones museográficas permanentes son las del Museo del Castillo de Javier y Ecomuseo Molino de Zubieta.