Munilla se ha referido en estos términos durante su homilía en la Misa Solemne celebrada en la Basílica de San Ignacio de Loiola, en la localidad guipuzcoana de Azpeitia, con motivo de la celebración de las fiestas de San Ignacio, patrón de Gipuzkoa, a la que han asistido la consejera vasca de Educación, Isabel Celáa, el diputado general de Gipuzkoa, Markel Olano, y el alcalde del municipio, Julian Eizmendi, entre otras autoridades, así como el Nuncio Apostólico en Haití, Bernardito Auza.

El obispo de San Sebastián ha recordado a San Ignacio que "tuvo que sobrellevar muchas, muchísimas incomprensiones y contrariedades, antes de ser reconocido como santo o como patrono" y ha señalado que, actualmente, "en cierta medida reconocemos el hecho religioso, como un elemento que puede contribuir a la educación y a la estabilidad en una sociedad muy necesitada de valores", pero se suele "poner bajo sospecha los planteamientos de coherencia y de exigencia evangélica, que fácilmente son etiquetados injustamente como exagerados o como radicales".

"Parece que hoy en día lo políticamente correcto tuviera que ser un poco frívolo, o un poco religioso, pero sin exagerar en ninguno de los dos sentidos", ha afirmado.

Munilla ha advertido de que aunque "vivamos en una cultura de raíces cristianas, existe una marcada tendencia colectiva a domesticar y rebajar el hecho religioso, a descafeinar la fuerza del Evangelio, a reducirlo a una serie de valores comúnmente consensuados, arrinconando todo aquello que presente contrastes excesivos". En este sentido ha denunciado "la incomprensión y la persecución" que, a su juicio, se da "contra aquéllos que actúan coherentemente con su fe católica".

Por otro lado, el obispo donostiarra ha hecho alusión a la educación y ha subrayado que la "clave del éxito del modelo educativo ignaciano está en la integración del rigor académico y la esperanza cristiana". "En medio del fracaso educativo que padecemos en nuestros días, es necesario recordar que la educación necesita de la esperanza, como la natación precisa del agua", ha opinado.