La Junta castellanoleonesa interpuso en su día recurso ante la Audiencia Nacional, después de que tal petición fuera desestimada por silencio administrativo y posteriormente, de facto, mediante la Resolución de la Dirección General de Bellas Artes y Bienes Culturales del Ministerio de Cultura, de fecha 14 de junio de 2005.

Sin embargo, la Audiencia Nacional acordó inhibirse en favor de la Sala de lo Constencioso Administrativo del Tribunal Superior de Justicia de Madrid, que ahora, tras la deliberación, votación y fallo el pasado día 19 de mayo, acordó estimar las pretensiones de la Junta, en el sentido de atender su petición para ordenar que "se incoee expediente de declaración de Bien de Interés Cultural (BIC) del Colegio de San Ambrosio, como Sitio o Monumento Histórico, así como de los bienes muebles, y, en particular, los fondos documentales procedentes de la Delegación del Estado para la recuperación de Documentos, de la Delegación de Asuntos Especiales y de su ulterior unificación en la Sección de Servicios Documentales de la Presidencia, existentes en el momento de adscribirse al Ministerio de Cultura para configurarse como Sección del Archivo Histórico Nacional.

El tribunal madrileño recuerda que tanto en lo relativo al edificio, que se convirtió en archivo nacional en 1999, como con respecto a sus bienes son de aplicación dos preceptos de la Ley 16/1985, de Patrimonio Histórico Español (LPHE), de 25 de junio, "de los que se colige—en su función de archivo de titularidad estatal—la calificación de B.I.C. tanto del inmueble como de los documentos y archivos en él comprendidos", y "con la protección cultural que de ello resulta".

El edificio denominado 'Colegio de San Ambrosio' lo construyó en el siglo XVII el Cabildo de la Catedral de Salamanca para los niños éxpositos bajo la advocación de San José, de ahí que, por tanto, la primera función de este inmueble, vinculado a la Iglesia, fuera la de hospital para estos niños.

En 1979 fue reformado por Joaquín de Churriguera, quien por entonces era maestro mayor de la Catedral de Salamanca. De lo realizado por este arquitecto sobresale la portada principal situada en la calle Gibraltar.

En 1902 dejo de tener su función primitiva para pasar a ser colegio para estudiantes de la Universidad de Salamanca y Seminario Conciliar. Pasó entonces a ser denominado 'Colegio de San Ambrosio', como todavía se le conoce.

En 1938 pasó a desempeñar una función puramente administrativa, como sede de un órgano administrativo, pues fue utilizado como residencia de los miembros de la Delegación Especial para la Recuperación de Documentos (DERD).

En 1948 comenzó su función archivística al albergar el archivo de la DERD o, al menos, la mayor parte de él, mientras que desde el 7 de mayo de 1979 se alberga en el inmueble una sección denominada 'Guerra Civil', adscrita al Archivo Histórico Nacional.

Por Real Decreto 426/1999, de 12 de marzo, se creó, con carácter de archivo de titularidad estatal, el Archivo General de la Guerra Civil Española, con sede en dicho edificio, pasando en esa fecha a tener consideración de Bien de Interés Cultural.