La Junta castellanoleonesa interpuso en su día recurso ante la Audiencia Nacional, después de que tal petición fuera desestimada por silencio administrativo y posteriormente, de facto, mediante la Resolución de la Dirección General de Bellas Artes y Bienes Culturales del Ministerio de Cultura, de fecha 14 de junio de 2005.

Sin embargo, la Audiencia Nacional acordó inhibirse en favor de la Sala de lo Constencioso Administrativo del Tribunal Superior de Justicia de Madrid, que ahora, tras la deliberación, votación y fallo el pasado día 19 de mayo, acordó estimar las pretensiones de la Junta, en el sentido de atender su petición para ordenar que "se incoee expediente de declaración de Bien de Interés Cultural (BIC) del Colegio de San Ambrosio, como Sitio o Monumento Histórico, así como de los bienes muebles, y, en particular, los fondos documentales procedentes de la Delegación del Estado para la recuperación de Documentos, de la Delegación de Asuntos Especiales y de su ulterior unificación en la Sección de Servicios Documentales de la Presidencia, existentes en el momento de adscribirse al Ministerio de Cultura para configurarse como Sección del Archivo Histórico Nacional.