Naturalment, ni els nobles i eclesiàstics francesos, ni els italians, van veure amb bons ulls l’assalt al poder d’una família que no podien controlar i van intentar, com sol succeir en aquests casos, que l’opinió pública no els fos favorable, fent circular rumors i literatura impresa que els acusava, obertament, de tots aquells crims que practicaven tots els prínceps del Renaixement. A Amèrica, alguns Borja foren designats per a ocupar alts càrrecs i el 1668, una dona de la família Borja, Anna Francesca de Borja i Dòria, esdevinguè titular del Virregnat del Perú amb tots els poders d’un virrei.

Una de les primeres governants dona de l’Amèrica hispana. Els historiadors oficials actuals de la República del Perú subratllen la indubtable capacitat de direcció politico-militar d’Ana de Borja en els moments en que els pirates assolaven El Callao i altres punts de les costes del Virregnat.