Señalaron que el Monasterio de Santa María la Real de Nájera ha sufrido a lo largo de los siglos "graves deterioros producidos tanto por actos humanos como por el transcurso del tiempo". Desde 1895 hasta la actualidad se han llevado a cabo numerosas intervenciones para garantizar el mantenimiento y conservación del inmueble, catalogado desde finales del siglo XIX como Bien de Interés Cultural, especialmente por encargo y bajo control del Ministerio de Cultura.

En esta línea de trabajo, y finalizada la reciente obra de reforma de la residencia de los Padres Franciscanos que habitan el Monasterio, obra realizada por el Ministerio de Cultura como titular del inmueble a través del Instituto del Patrimonio Cultural de España, con un coste total 241.803,04 euros, dicho departamento ministerial prevé realizar durante 2010-2011 un proyecto de consolidación y restauración de diversos sectores del conjunto monacal.

Este proyecto de restauración, cuya redacción fue encargada a las arquitectas María Aroca Hernández-Ros y María Arana Aroca, durante 2009 con un coste de 20.761,22 euros, supondrá previsiblemente una inversión en obra de 514.745,68 euros. El planteamiento teórico de la obra fue realizado por los técnicos del IPCE con conocimiento del entonces Padre Guardián de la Comunidad Franciscana

En la actualidad el Instituto del Patrimonio Cultural de España está desarrollando las labores administrativas para la adjudicación de la obra a una empresa del sector. Este proyecto será supervisado en todo momento por el Servicio de Arquitectura del IPCE.