En una rueda de prensa celebrada en la capital guipuzcoana para valorar lo que ha sido 2009 desde el punto de vista político, Arriola rechazó opinar sobre la polémica generada en torno al rechazo manifestado por la mayoría de los párrocos de Gipuzkoa al nombramiento de Munilla a través de un comunicado.

Tras recordar que "la separación de poderes es uno de los ejes de la democracia", señaló que, partiendo de esta premisa, le "molesta tanto" que "la Iglesia se entrometa en los temas que tienen que decidir las Cortes españolas o el Parlamento vasco, el que sea competente en cada momento, porque debería ocuparse más de los temas trascendentes y no tanto de los terrenales", como el hecho de que los partidos "se metan a opinar en los temas que afectan a la Iglesia y a la jerarquía eclesiástica".

En este sentido, consideró que "hay que tenerlo claro" y, "desde el respeto", los partidos políticos deberían quedarse al margen de "opinar sobre estas cosas".

Preguntado por la actitud de la Diputación foral de Gipuzkoa respecto al citado nombramiento, y las críticas del diputado general, Markel Olano, quien consideró que la designación de Munilla es "muy negativo" para la Iglesia guipuzcoana, el dirigente socialista se limitó a asegurar que él no hubiera hecho eso. "Cada institución tiene su papel y el de la Diputación debería de ser el de resolver los problemas de Gipuzkoa", concluyó.