En casi ocho años de emisiones, Crónicas Marcianas estuvo en la picota en numerosas ocasiones y fue el centro de numerosas polémicas por sus contenidos. En un principio, el programa se centró en la información y en un entretenimiento blando y liviano, pero los contenidos fueron haciéndose cada vez más controvertidos, hasta el punto de que se consideró a Crónicas Marcianas el baluarte de la telebasura.

Una de los momentos más polémicos, de hecho, vino a raíz de esta calificación. El Semanal TV publicó un reportaje sobre la telebasura, y en la portada aparecían Sardá y sus colaboradores saliendo de cubos de basura. Javier Sardá dedicó nada menos que los treinta primeros minutos del programa a criticar a la publicación.

"Me parece injusto que cuando acaba esta temporada el balance sea que en un periódico de un grupo accionista de Telecinco nos hagan salir de un cubo de basura. En mi libro, alguien me pregunta que qué hago cuando alguien me dice que los que hago es telebasura. Y yo le respondo, en plan de cachondeo, como basura tiene vocación de insultar, yo le digo: Telebasura, tu puta madre" dijo entonces el presentador.

Además, Boris Izaguirre aprovechó para bajarse los pantalones en varias ocasiones y en el programa los striptease y los contenidos eróticos estaban a la orden del día, lo que también les valió numerosas críticas.

En una ocasión una de las colaboradoras del programa, Aída Nízar, ex concursante de Gran Hermano, se burló y ridiculizó en directo a un discapacitado, motivo por el que Javier Sardá le dijo "perdona, Aída, pero si en público he dicho que Bush es un hijo de puta, hoy digo que tú, Aída, eres una hija de puta". Al día siguiente, el presentador se disculpó por estas palabras y anunció el despido de la colaboradora.

En 2002, además, el programa fue condenado a indemnizar a un disminuido psíquico al que el espacio había entrevistado por una "intromisión ilegítima en su honor" ya que "se le hizo quedar en ridículo hasta el punto que tras la emisión, la gente se reía de él por la calle", declaró entonces el abogado defensor de la familia del joven.

En otra ocasión, Leo Bassi, que asistió en numerosas ocasiones al programa, hizo reventar unas heces de vaca en el plató, con una pequeña carga de explosivo.