El 26 de julio de 1999, los actuales codirectores del Proyecto Atapuerca Juan Luis Arsuaga, José María Bermúdez de Castro y Eudald Carbonell constituían la fundación de la mano de entidades como Caja de Burgos y Diario de Burgos.

El objetivo con el que nacía esta entidad era respaldar y difundir el Proyecto Atapuerca, lo que favoreció que la fundación se convirtiese en un "hito" destacado dentro de los esfuerzos radicados en las últimas décadas en el enclave burgalés.

La Fundación Atapuerca nació como una entidad sin ánimo de lucro con sede en la localidad de Ibeas de Juarrios, a unos cuatro kilómetros del complejo de yacimientos de la Sierra de Atapuerca, cuyo edificio inauguró en 2009 la Reina Sofía.

Con motivo de su vigésimo aniversario, la fundación ha programado a lo largo de este año y 2020 diversas iniciativas como la prueba '3 Patrimonios, 1 Marcha', en colaboración con la fundación 'VIII Centenario de la Catedral. Burgos 2021', la Diputación Provincial y el Sistema Atapuerca, que tuvo lugar el pasado 19 de julio.

También trabaja en la presentación de una plataforma web que permita el acceso al fondo documental del científico Emiliano Aguirre, que comprende manuscritos, libros, dibujos, notas, revistas, separatas y una colección de fósiles, y se ha editado un libro sobre la propia fundación.

Asimismo, se ha renovado la página web de la entidad, con un formato más actualizado y accesible, y se han llevado a cabo modificaciones en el Periódico de Atapuerca, cuya nueva edición cuenta con ocho páginas más y nuevas secciones y contenidos.