El instituto, según el Ayuntamiento, se puso en servicio en septiembre de 2016 tras la ejecución de la primera fase del centro, que acoge a unos 600 alumnos de Guillena y sus poblaciones de Torre de la Reina y Las Pajanosas. Desde entonces la comunidad educativa, con el apoyo del Ayuntamiento, ha reivindicado la necesidad de acometer la segunda fase del centro.

En este sentido, el compromiso de la Consejería de Educación de la Junta era licitar "antes de final de 2018" la segunda fase del Instituto El Molinillo de Guillena, ya que cuenta con partida presupuestaria del pasado ejercicio, según el Consistorio, toda vez que en diciembre del año pasado era licitada la contratación de la redacción del proyecto de obras de la segunda fase del centro, es decir el diseño técnico.

Con la ejecución de la segunda fase, según el Consistorio, "se solucionarán los problemas de espacio y se completaría la oferta educativa con los ciclos formativos", así como se terminará de completar los equipamientos del centro con pistas polideportivas y un gimnasio, pues el instituto contaría con dos aulas prefabricadas y sus actividades deportivas se celebran en instalaciones municipales.