En concreto, formarán parte de este órgano bilateral la ministra de Política Territorial y Función Pública, Meritxell Batet; el secretario de Estado de Política Territorial, Ignacio Sánchez Amor; la secretaria general de Coordinación Territorial, María de los Llanos Castellanos, y, para ejercer como secretario de la Comisión, el director general de Cooperación Autonómica y Local, José María Pérez Medina.

También podrán participar representantes de los ministerios competentes en los asuntos que se aborden en la Comisión.