Rafols ingresó en la carrera judicial en 1987 y ejerció como juez en el Juzgado de Primera Instancia e Instrucción 3 de Mondoñedo (Lugo), ascendió a magistrado en 1989, y se trasladó al Juzgado de Instrucción 3 de Gijón y posteriormente al de lo Penal 1 de León, según han informado a Europa Press fuentes del Tribunal Superior de Justicia de Castilla y León.

Desde junio de 2005 ejerce en la Audiencia Provincial de Palencia, primero como magistrado de su Sección Única y desde noviembre de 2012

como presidente de la Audiencia.

Ignacio Javier Rafols es desde el año 1994 profesor asociado de Derecho Penal de la Facultad de Derecho de la Universidad de León.

Ha sido profesor de las escuelas de Práctica Jurídica de Gijón y de León y también ha ejercido como tutor de jueces en prácticas a instancias de la Escuela Judicial.

Ha tenido igualmente una intensa actividad investigadora universitaria dentro de la Cátedra de Derecho Penal de la Facultad de Derecho de la Universidad de León.

En 1999 obtuvo el segundo premio de 'Investigación Jurídica', convocado por el Consejo General del Poder Judicial y la Junta de Castilla y León para trabajos jurídicos realizados por jueces y magistrados de dicha comunidad, por el trabajo 'El delito de desobediencias del artículo 380 del Código Penal. Análisis y crítica'.