Se trata de un instrumento de singular importancia, datado en el siglo XVII, y que está declarado Bien de Interés Cultural, por lo que goza de la más alta protección.

El proyecto de restauración frenará el deterioro del órgano de la catedral, que se encuentra en un estado deficiente de conservación, y permitirá recuperar la sonoridad perdida así como la posibilidad de interpretar gran parte del repertorio renacentista y barroco que contiene el archivo de la catedral.

El proyecto de restauración tiene un coste de 135.839 euros, de los cuales el Ejecutivo riojano aportará el 85%. Ésta se llevará a cabo a la manera tradicional, aplicando las mismas técnicas que en su construcción y utilizando materiales de la misma especie y calidad que los originales, con el objetivo de recuperar un mueble de calidad, de los más antiguos conservados en La Rioja.

La intervención contempla el desmontaje del órgano; la restauración de la caja y de su estructura; la restauración de los secretos y accesorios; la construcción de un nuevo teclado en el estilo original de la escuela de Lerín; la restauración de notas, registros y reconstrucción de la tubería.

El órgano de la catedral de El Salvador de Santo Domingo, situado al lado de la Epístola de la catedral, es de estilo barroco y fue construido por Diego de Ichaso, Lorenzo Baquedano y Fray José de Echevarría. Además, el organero Juan de Tabar compuso el instrumento y fue reconstruido por Lucas de Tarzazona.

La catedral de El Salvador de Santo Domingo de la Calzada está declarada Bien de Interés Cultural con la categoría de Monumento desde el 3 de junio de 1931.

Se integra en el trazado del Camino de Santiago, declarado Bien de Interés Cultural con la categoría de Conjunto histórico artístico el 5 de septiembre de 1962 y Patrimonio de la Humanidad el 5 de septiembre de 1962.