Molina puso en marcha en 1998 el Instituto de Estudios Socio-Económicos de Cajamar, cuya dirección ejerció hasta abril de 2009, y durante los dos años siguientes ejerció como asesor de la Dirección General de Cajamar. En 2011 asumió la presidencia de Faeca y en noviembre de 2012 fue elegido vocal del Consejo Rector de Cajamar y nombrado vicepresidente de la entidad, función que ha desarrollado hasta el pasado mes de abril.

Constituida en 2006, la Fundación Cajamar tiene como finalidad la promoción y realización de las actividades fijadas en los programas de actuación del Fondo Social Cooperativo de Cajamar Caja Rural, con una atención preferente a la economía social y al sector agroalimentario.

Para ello, promueve y organiza iniciativas que contribuyen al fomento del cooperativismo, la investigación agroalimentaria, la innovación tecnológica aplicada, los estudios y análisis de la realidad productiva y la transferencia de conocimiento científico y técnico. Desde su constitución han sido presidentes de la misma Juan del Águila Molina (2006-2012) y Antonio Pérez Lao (2012-2016).