Ecologistas en Acción ha otorgado 47 banderas negras a las zonas del litoral más afectadas por la degradación. En su informe de 2016 (PDF) la organización ambientalista ha seleccionado las dos zonas con peor estado ambiental de la costa, una por contaminación y otra porque las actuaciones de las administraciones públicas han promovido la destrucción o han puesto en peligro el litoral.

La organización ambientalista ha aprovechado la presentación de su informe para calificar de "poco realista" el estudio de las "banderas azules", que asignaba el máximo galardón de calidad a 686 zonas de baño costeras en España. Ecologistas concede más fiabilidad a la Agencia Europea de Medio Ambiente, que en mayo criticaba la calidad del baño en 58 playas y ríos de España. "(La agencia europea) nos situaba en el tercer país con más zonas no aptas para el baño, detrás de Italia y Francia (95 cada uno), al tiempo que solicitaba el cierre de 34 zonas de baño en toda Europa, de las cuales 31 eran españolas, mayoritariamente gallegas", denuncian.

Ecologistas critica que el Gobierno actual siga "considerando la costa como una zona para especular y permitir la una continua degradación por el urbanismo depredador", en referencia a la modificación en 2013 de la ley de costas.

De las 47 banderas negras asignadas, la propia organización ambientalista destaca varios casos como más significativos:

En Canarias destacan el vertido del pesquero Oleg Naydenov el 11 de abril de 2015, un pequeño pesquero ruso, que se incendió y estaba cargado con 1.400 toneladas de fuel. El hundimiento provocó un vertido de semanas junto a Maspalomas.

En Tarragona, por contaminación, junto a la localidad de Flix es considerada la instalación química más contaminante del río Ebro y lleva años vertiendo al medio ambiente sustancias contaminantes, a pesar de décadas de denuncias ecologistas. Recientemente la detención de la cúpula de Acumed ha provocado la interrupción de las obras de limpieza, "quedando 700.000 toneladas de fangos tóxicos como mercurio, compuestos organoclorados, radiactivos, de las que nadie se hace cargo".

En Galicia se destaca el complejo industrial de ENCE en la ría de Pontevedra y la ría de Ferrol de A Coruña, que "se está viendo perjudicada por diversas infraestructuras (puerto exterior, rellenos) y por falta de depuración eficaz.

También critica el informe la Bahía de Portmán, en Murcia, a la que entregan una de sus 47 banderas negras. La consideran uno de los casos de contaminación con residuos mineros (zinc, plomo y cadmio entre otros) más graves de todo el Mediterráneo, suponiendo un 93% de todos los vertidos en el Mediterráneo español.

En la Comunidad Valenciana, el informe de Ecologistas destaca por contaminación el Puerto de Alicante y el de Valencia, que presentan "problemas de vertidos" largamente denunciados por vecinos y asociaciones. Además, el plan de la Cuenca del Júcar, en lo que afecta a las masas de agua costera.

En el litoral de Cádiz, en concreto en Caños de Meca, el informe destaca las "edificaciones en el dominio público marino terrestre, sin depuración de las aguas fecales, sin red de abastecimiento de agua potable, sin alcantarillado, vertiendo sus aguas resiudales al cuífero o al mar, con el acuífero costero contaminado y sometido a extracciones incontroladas". También en Andalucía, el estudio otorga bandera negra a la ría de Huelva, por contaminación desde hace décadas, así como la afección a Las Dunas de Artola por la Diputación de Málaga, que consideran "una grave afección a la fauna y especialmente a la flora existente en este complejo dunar".

En el Cantábrico, en Asturias se señalan los vertidos en Villaviciosa de origen urbano e industrial y en el País Vasco destaca el plan de dragado de Mundaka por el deterioro tras los temporales de 2014 y las playas contaminadas de fuel de Muskiz, por la refinería de Petronor.

Por su parte, en Baleares las playas "llenas de basura de toda índole" de Ciudad Jardín en Palma de Mallorca han recibido bandera negra. Ecologistas asegura que lleva años advirtiendo de los peligros de las prospecciones petrolíferas y la explotación de hidrocarburos en la costa. Es uno de los motivos para señalar con bandera negra el Delta del Ebro y el puerto de Tarragona.

La contaminación de la Cala del Desnarigado, en Ceuta, también está entre las más degradadas. Su "recuperación se aleja de fines de conservación basados en su propia belleza y criterios ecológicos, y se acerca al incentivo turístico", dice el informe. y en Melilla por el proyecto de ampliación del puerto que, a juicio de Ecologistas en Acción, "pone en peligro la existencia de un molusco gaserópodo, Patella ferruginea", que supondría la desaparición de entre un 5 y 10% de la población mundial de dicha especie