El Tribunal de Cuentas destaca la necesidad de reforzar el control interno de las universidades y de las entidades dependientes o vinculadas a las mismas, la mayoría de ellas fundaciones, tras detectar que se utilizan para una "deliberada huida" de controles presupuestarios y de gestión.

En el Informe de Fiscalización de las Universidades Públicas del ejercicio 2012, en el que se han analizado a 51 centros, se ha detectado la existencia de al menos 574 entidades dependientes o vinculadas, de las que 382 son de carácter público y de las que los centros universitarios no tienen un inventario sobre su aportación económica o el peso de la universidad en sus órganos de gobierno.

Además, el Tribunal ha subrayado que la creación de estas entidades instrumentales "no siempre ha respondido a nuevas necesidades" a atender o "a la racionalización de la gestión", sino "a la deliberada huida de los controles internos o del control presupuestario y de gestión y a la búsqueda de un campo de actuación menos reglado".

Las universidades públicas buscarían con ellas, según el Tribunal, "poder incrementar" el margen de discrecionalidad de las decisiones que afectan a la gestión del personal, contratación y ejecución de inversiones y prestación de servicios públicos. Ocho de las universidades públicas presenciales estudiadas no contaban con unidades operativas de control interno y en las existentes se ha comprobado que los recursos humanos que se destinan para ello son insuficientes y su cualificación inapropiada.

En este informe de fiscalización también se ha puesto de relieve "la necesidad de cambios" para una simplificación y reducción de los órganos colegiados, a una profesionalización y especialización en la toma de decisiones, de cambios en el proceso electivo que evite corporativismos y de una mayor transparencia en la gestión, su control y rendición de cuentas.

El conjunto de universidades examinadas reconoció obligaciones, en 2012, por un importe de 9.219 millones de euros y derechos por 9.278 millones, y el endeudamiento total del sector universitario analizado ascendía a 620 millones de euros. El documento dice que ninguna de las universidades fiscalizadas había implantado un sistema de contabilidad analítica en 2012, algo que este Tribunal ya había apuntado en 2003 y que es de "especial relevancia" tras el decreto de racionalización del gasto público.

Ha alertado de un exceso de plazas ofertadas en las universidades públicas, especialmente en los máster, o que hay un "cierto sobredimensionamiento del profesorado" en relación con el número de alumnos. Por todo ello, recomienda "sin dilación" la implantación de un modelo de contabilidad analítica homogéneo en todas las universidades públicas, así como crear un inventario actualizado de las entidades dependientes de las universidades públicas y reforzar su control.

También sugiere establecer un sistema de control de presencia y cumplimiento del horario fijado para todos los empleados públicos de las universidades públicas y estrechar la colaboración entre todas las administraciones implicadas en el sistema universitario público para lograr una delimitación clara del sector público autonómico.

Se han analizado 47 universidades públicas (en 2012 existían 79 públicas y privadas) además de las no presenciales UNED, UOC y las especiales UIMP y UNIA, y se ha concluido que el mayor peso del sistema universitario se concentra en Madrid, Andalucía, Cataluña y Valencia.