Durante la tercera jornada de declaración, la juez de Instrucción número 6 de Sevilla, Mercedes Alaya, le ha imputado no haberse abstenido, siendo consejero, de participar en la negociación y haberse intentado beneficiar del referido ERE, lo que Fernández, "no sólo ha negado radicalmente, sino que ha mostrado sus sentimientos personales de indignación y ha puesto de manifiesto que el debate en estos términos le provoca un enorme perjuicio familiar y social", momento en el que la juez ha decretado un receso ante la creciente tensión de la comparecencia.

Ante ello, según ha indicado el abogado de Fernández, Alfonso Martínez del Hoyo, la magistrada "se ha mostrado receptiva y ha dicho que humanamente lo comprende, pero que está cumpliendo con sus obligaciones". A juicio del letrado, "es insólito que se esté entrando en un debate jurídico-técnico-laboral de cuyo resultado se hacen pender consecuencias jurídico-penales en forma de imputación de graves delitos".

Así, Fernández ha explicado que el presidente de González Byass le pidió una cita en la que, en compañía del asesor jurídico de la empresa, "tuvieron la deferencia de comunicarle que iba a ser incluido por razones objetivas en el ERE y que, por tanto, perdía su puesto de trabajo", momento a partir del cual el imputado "no volvió a recibir ni a la empresa ni al comité de empresa, en línea de apartarse de cualquier acción relacionada con la tramitación del ERE y de la solicitud de ayuda sociolaboral" que se inició ante la Dirección General de Trabajo por parte del comité de empresa.

Según su letrado, se abstuvo "de hecho" de participar en la negociación del ERE, porque no entendía que tuviera que hacerlo "formalmente" y porque no era el órgano competente para resolver el ERE, lo cual correspondía a la Dirección General de Trabajo y Seguridad Social

No obstante, la juez entiende que el exconsejero no debería haber sido incluido en el expediente ya que mantiene que su relación laboral con la empresa "estaba extinguida". Según la juez, el imputado solicitó en 1983 la excedencia forzosa por cuatro años para incorporarse como concejal al Ayuntamiento de Jerez de la Frontera, pero en 1987, transcurridos esos cuatro años, no pidió la prórroga de esa excedencia ni pidió su reincorporación a González Byass, por lo que no tenía derecho a acogerse al expediente.

Sobre la póliza de prejubilación, el imputado ha dicho que, en julio de 2008, los 94 trabajadores de González Byass fueron citados por el comité de empresa para firmar la póliza y suscribir el boletín de adhesión, lo cual fue firmado por todos menos por el exconsejero de Empleo, por lo que fue en ese momento y no al conocer la investigación judicial cuando renunció a cobrar la póliza.

En un auto de enero de 2011, la juez puso de manifiesto que "existen indicios para pensar que su renuncia a la percepción de tales cantidades pudo venir forzada y motivada por el devenir de las presentes actuaciones iniciada en el mes de enero".