Anteriormente desempeñó el cargo de decano en la Facultad de Filosofía y Letras de la propia UAM, entre los años 1989 y 1992.
Experto en metafísica, toda su biografía está vinculada al mundo universitario. Ha sido miembro de varias asociaciones, fundaciones y programas académicos y es miembro del consejo de administración de Universia, el principal portal universitario en Internet.
Desde la CRUE, organización que aglutina a los rectores de 50 universidades públicas y 24 privadas, Gabilondo participa directamente en la gestión de la universidad.
Con el regreso de la secretaría de Estado de Universidades al Ministerio de Educación, que tras las elecciones de 2008 había pasado a ser competencia del Ministerio de Ciencia e Innovación, Gabilondo está llamado a gestionar la adaptación de la universidad española al denominado 'proceso Bolonia', una transformación de la universidad que ha generado incertidumbre en la comunidad universitaria y protestas por parte de diversos sectores de estudiantes.
El sistema universitario se encuentra en pleno proceso de transformación para adaptar todas sus titulaciones al Espacio Europeo de Educación Superior (EEES) antes del curso 2010-2011, fecha límite en la que todas las universidades tendrán que ofertar las titulaciones por el nuevo método pedagógico.
Su hermano Iñaki Gabilondo es uno de los periodistas más conocidos de España.
Francia y Alemania: "La decisión del rescate es de España"
Un nuevo terremoto de magnitud 5 sacude el norte de Italia
España recurre a Iniesta y Silva para superar la muralla de China
Diseñan una llave que abre sin girar y una botella que enfría el agua
¿15.000 euros para toros o empleo? Guijo de Galisteo elige lo primero
Comer sin parar para evadirse de la realidad
Marina d'Or compite con Madrid y Barcelona por Eurovegas
"Si las putas hablásemos se derrumbaría la institución del matrimonio"
¡Sé el primero en hacerlo!