Las obras se iniciaron bajo la dirección de Diego de Riaño, al que le siguió a su frente Juan de Calona hacia 1549, en una fase constructiva a la que pertenece la capilla del reservado eucarístico, tras el retablo del Cristo de la Plaza, según han informado fuentes el Ayuntamiento. Poco después, hacia 1562, otro arquitecto, Hernán Ruiz II se hace cargo de las mismas, levantándose la sacristía, el presbiterio y el primer tramo del edificio.

En el año 1603 las obras del segundo tramo ya estaban terminadas, quizás de la mano de Vermondo Resta, observándose un cambio en el diseño de los pilares y las bóvedas, quedando desde entonces paralizadas las obras.

En 1972 la Dirección General de Bellas Artes trató de acabar las obras según el proyecto y la dirección de Rafael Manzano, quedando paralizadas éstas también pocos años después sin que se cubrieran las bóvedas de sus tres últimos tramos, aunque sí se levantaron los muros perimetrales y los pilares y arcos que faltaban.

Finalmente, entre 1995 y 1996 se realizaron otras obras en el templo, que permitieron que la superficie dedicada al culto se haya ampliado, y las obras han terminado para dar paso a una fiesta de inauguración que se prolongará durante todo el fin de semana.

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