Los imputados fueron acusados en una querella de apropiación indebida, administración desleal, falsedad en documento mercantil, negativa a socio del derecho de información y cohecho por compra-venta de Aguas de Fuensanta, por la que Banesto pagó unos 1.000 millones de pesetas (6 millones de euros) a la familia Rato.

Según la querella criminal, la transacción tenía el objetivo de "ganarse el favor de Rodrigo Rato", entonces ministro de Economía, dado que el precio que se pagó fue desorbitado para una sociedad en "quiebra técnica".

El juez José Sierra ha citado además como imputados a otras 15 personas, entre las que figura el consejero delegado del Santander y ex presidente de Banesto Alfredo Saénz, el hermano de Botín, Jaime Botín, y los consejeros de Banesto cuando se produjo la compra de Aguas de Fuensanta, vinculada a la familia Rato, así como el hermano del ex ministro de Economía Ramón Rato.Emilio Botín, Alfredo Sáenz y Jaime Botín han sido citados para el próximo 8 de mayo, mientras que Rodrigo Rato deberá declarar el próximo 27 de mayo, después de que fuera incluido en la querella

Rato fue fichado en enero por el Santander como asesor del banco y miembro de su Consejo Asesor Internacional.