Uno de los supuestos casos se registró en el condado de Kent, al este de Surrey, donde se detectó un brote altamente infeccioso y miles de animales fueron sacrificados a principios de mes, dijeron las autoridades.
El segundo se produjo en Surrey, pero fuera de la primera zona infectada.
Las autoridades esperaban que el brote de fiebre aftosa aparecido este mes estuviera ya contenido.
Los movimientos de ganado están prohibidos en las zonas.
De confirmarse el caso en Kent sería un nuevo golpe para la ganadería británica.
Kevin Pearce, director de alimentación y ganadería del Sindicato Nacional de Agricultores, dijo que se habían tomado muestras de los animales pero que no se había ordenado ningún sacrificio.
'No significa necesariamente que haya un caso (de fiebre aftosa). Significa que aún no se ha podido descartar de inmediato y como medida de prevención tomaremos muestras y las analizaremos para comprobar cualquier prueba del virus', dijo.
La prohibición nacional para el movimiento de animales lleva en vigor desde que el 3 de agosto se confirmó un brote de fiebre aftosa en Surrey, aunque hay excepciones como el transporte para el sacrificio, el ordeñe o el tratamiento de emergencia.
La jefa veterinaria del país, Debby Reynolds, dijo el lunes que esperaba que a finales de semana se aliviaran las restricciones, pero el caso sospechoso en Kent podría dar al traste con esa expectativa.
Reynolds dijo el martes en un comunicado que era una 'semana crucial para la vigilancia' del brote.
'La contención y erradicación de la fiebre aftosa sigue siendo nuestra prioridad. Es por eso por lo que hemos actuado con rapidez para poner en marcha una zona de control temporal mientras investigamos estos acontecimientos en Kent', dijo.
Más de 570 animales han sido sacrificados como resultado del brote y la Unión Europea y otros países han prohibido las exportaciones británicas de carne y lácteos.
Los ganaderos están frustrados con la prohibición del movimiento y dicen que las limitaciones comerciales les cuestan 1,8 millones de libras (unos 2,6 millones de euros) al día.
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