"Hay suficientes evidencias para establecer que Shumail Raj es una mujer", dijo el juez Khawaja Sharif en su fallo.
El juez sentenció a la pareja a tres años de cárcel y les impuso una multa de 10.000 rupias (183 euros) por perjurio.
El mes próximo se tomará una decisión sobre si el matrimonio debe ser anulado, dijo.
Operaciones prohibidas
Pakistán es una nación predominantemente musulmana y las operaciones de cambio de sexo son ilegales, dijo un abogado.
La pareja fue arrestada este mes por orden del alto tribunal.
Raj, que tiene barba, dijo a un diario la semana pasada que su mujer, Shezina Tariq, de 24 años, conocía su operación de cambio de sexo y acordó casarse porque temía ser forzada a contraer matrimonio con alguien.
Raj dijo a un diario que se había sometido a dos operaciones de cambio de sexo en Pakistán y esperaba otra en el extranjero.
El caso llamó la atención de los tribunales después de que Raj pidiera protección por hostigamientos de familiares que desaprobaban su matrimonio.

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