La ampliación llevada a cabo en el Museo del Prado permite situar en el siglo XXI una institución cuyas obras iniciales comenzaron en 1785, cuando se empezó a construir el Museo Real de Ciencias Naturales.

La guerra hizo que tuvieran que transcurrir treinta y cinco años antes de que el nieto de Carlos III, Fernando VII, decidiera completar el edificio de Villanueva como sede del Real Museo de Pinturas. Los trabajos se prolongaron hasta la década de 1830.

A partir de la apertura del Museo y a lo largo de toda su historia se han sucedido gran número de intervenciones de mayor o menor importancia para ganar espacio expositivo y para mejorar los accesos y la circulación interna, intervenciones que han ido transformando la fisonomía del edificio original.

La primera reforma (1847-52) del proyecto original de Villanueva se debe a Narciso Pascual y Colomer.

La intervención consistió en cubrir la sala basilical para crear una tribuna-galería, la nueva Sala de la Reina Isabel.

Entre 1880 y 1892, Francisco Jareño realizó tres intervenciones: escalinata de seis tramos en el testero norte del edificio, sustitución de la tribuna-galería de Colomer por un forjado completo y construcción de dos pabellones exentos de nueva planta en la parte trasera del edificio.

Fernando Arbós y Tremanti desarrolló, desde 1918 a 1921, lo que puede considerarse la primera ampliación del Museo, ocupando la fachada posterior del edificio Villanueva con dos nuevos volúmenes destinados a salas para la exposición de pinturas.

Pedro Muguruza construye (1943/1946) una nueva escalera en la fachada norte en sustitución de la de Jareño y realiza algunas reformas en el interior del edificio.

Fernando Chueca y Manuel Lorente duplican, entre 1954 y 1956, las crujías de Arbós a cada lado de la sala de Velázquez.

Entre 1964 y 1968, José María Muguruza realiza la última intervención, que supone una ganancia de espacio dentro del edificio al cubrirse los dos patios que había dejado la ampliación de Arbós.

Fue José María García de Paredes quien entre 1981 y 1983 realiza el proyecto y la obra del salón de actos, actualmente gran distribuidor entre el edificio Villanueva y la ampliación de Rafael Moneo.

Agotadas las posibilidades de ganar espacio en el edificio Villanueva, en los años 80 se plantearon distintas soluciones, y fue a principios de los noventa cuando se impuso el criterio de que el Museo del Prado debería extenderse recuperando los únicos vestigios del Palacio del Buen Retiro (el Casón y el Salón de Reinos, entonces sede del Museo del Ejército) y, quizá, el antiguo Claustro de los Jerónimos.

De acuerdo con ello, en junio de 1994 el Real Patronato del Museo aprueba un "Plan de necesidades del Museo del Prado" en el que se destaca la necesidad de ampliar sus espacios físicos, y ahí comenzó la larga historia de esta ampliación.