El Rayo Vallecano protagoniza la ronda eliminando al campeón, el Espanyol

Ida: 25/10/06 - Vuelta: 08/11/06

0-1 Atlético - Levante 1-0

0-2 Xerez - Getafe 2-1

0-2 Castellón - Villarreal 0-2

4-1 Málaga - Real Sociedad 1-2

1-0 Valladolid - Nástic 3-1

1-0 Deportivo - Racing 0-1

1-1 Rayo - Espanyol 1-0

1-1 Hércules - Zaragoza 0-2

0-1 Segoviana - Sevilla 0-3

0-0 Peña Sport - Osasuna 0-4

1-2 Badalona - Barcelona 0-4

1-1 Athletic - Mallorca 1-2

0-0 Recreativo - Betis 0-2

1-2 Portuense - Valencia 0-2 

0-0 Alavés - Celta 1-0 

1-1 Écija - Real Madrid 1-5